Nel 1866 il maestro Alessandro La Pegna, ufficiale dell’esercito, grande appassionato di educazione fìsica nonché insegnante della stessa in una parte dei locali del convento dei padri domenicani, requisiti dalle autorità del momento, fondò la palestra centrale in Napoli allo scopo di preparare giovani alla pratica dell’educazione fìsica e nel contempo istituì una Compagnia di Mutuo Soccorso in caso di calamità.
Col passare degli anni la palestra centrale fu fucina di molti giovani desiderosi di intraprendere l’attività della ginnastica, che con l’aiuto del ministro De Sanctis si propagò in tutto il mezzogiorno.
Nel 1890 la palestra centrale prese la denominazione di Società di Educazione Fisica Partenopea, affiliandosi alla Real Federazione di Ginnastica d’Italia.
Gli sport di base praticati erano la ginnastica, i pesi e la lotta libera e greca romana.
Nel 1898, morto il maestro La Pegna, i suoi discepoli continuarono la sua meritoria opera, reclutando giovani per avviarli alla pratica dell’attività agonistica delle tré discipline esercitate, partecipando a gare nazionali e concorsi internazionali riportando lusinghieri piazzamenti, nella ginnastica con i fratelli Arturo ed Eugenio Lattanzio, nel sollevamento pesi con Gaetano Rubino e Vincenzo Giordano, nella lotta con Vincenzo Varriale e i fratelli Vincenzo e Ciro Righetti e tanti altri ginnasti, pesisti e lottatori.
Nel 1928 la Partenopea si fuse con la Società Virtus di atletica leggera dando vita alla Società di Educazione Fisica Virtus Partenopea.
Nel 1964 la Virtus Partenopea ha avuto il piacere di vedere nella squadra azzurra di ginnastica un suo atleta – Vincenzo Siligo – che ha partecipato alle Olimpiadi di Tokio.
Tra i soci fondatori si annoverano il Generalissimo Armando Diaz ed il Sindaco di Napoli, Nicola Amore, e tanti altri personaggi del mondo della cultura, della politica e dei professionisti.
Nel 1967 la S.E.F. Virtus Partenopea fu insignita dal CONI della Stella d’Oro al Merito Sportivo.
Dal 1995 la società ha assunto la nuova denominazione di Associazione Polisportiva Virtus Partenopea.
Il suo Presidente attuale è il Prof. Vito Eugenio Leonardi, docente I.S.E.F. di Napoli ed ex ginnasta, nonché giudice internazionale di ginnastica.